¿Cómo debo lidiar con la advertencia "el paquete 'xxx' no está disponible (para la versión R xyz)"?

1. No puedes deletrear

Lo primero que debes comprobar es ¿has escrito correctamente el nombre del paquete? Los nombres de los paquetes distinguen entre mayúsculas y minúsculas en R.

2. No buscaste en el repositorio correcto

A continuación, debe verificar si el paquete está disponible. Tipo

setRepositories()

Véase también ?setRepositories .

Para ver qué repositorios buscará R para su paquete y, opcionalmente, seleccionar algunos adicionales. Como mínimo, normalmente querrás CRANque te seleccionen, y CRAN (extras)si usas Windows, y los Bioc*repositorios si realizas algún análisis biológico.

Para cambiar esto permanentemente, agregue una línea como setRepositories(ind = c(1:6, 8))a su Rprofile.sitearchivo.

3. El paquete no está en los repositorios que seleccionaste

Devuelve todos los paquetes disponibles usando

ap <- available.packages()

Consulte también Nombres de los paquetes disponibles de R , ?available.packages .

Dado que se trata de una matriz grande, es posible que desee utilizar el visor de datos para examinarla. Alternativamente, puede verificar rápidamente si el paquete está disponible probándolo con los nombres de las filas.

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

Alternativamente, la lista de paquetes disponibles se puede ver en un navegador para CRAN , CRAN (extras) , Bioconductor , R-forge , RForge y GitHub .

Otro posible mensaje de advertencia que puede recibir al interactuar con los espejos CRAN es:

Warning: unable to access index for repository

Lo que puede indicar que el repositorio CRAN seleccionado no está disponible actualmente. Puede seleccionar un espejo diferente chooseCRANmirror()e intentar la instalación nuevamente.

Hay varias razones por las que un paquete puede no estar disponible.

4. No quieres un paquete

Quizás realmente no quieras un paquete. Es común confundirse acerca de la diferencia entre un paquete y una biblioteca , o un paquete y un conjunto de datos.

Un paquete es una colección estandarizada de material que amplía R, por ejemplo, proporcionando código, datos o documentación. Una biblioteca es un lugar (directorio) donde R sabe encontrar paquetes que puede usar

Para ver los conjuntos de datos disponibles, escriba

data()

5. R o Bioconductor está desactualizado

Puede depender de una versión más reciente de R (o de uno de los paquetes que importa/de los que depende). Mira a

ap["foobarbaz", "Depends"]

y considere actualizar su instalación de R a la versión actual. En Windows, esto se hace más fácilmente a través del installrpaquete.

library(installr)
updateR()

(Por supuesto, es posible que tengas que hacerlo install.packages("installr")primero).

De manera equivalente, para los paquetes de Bioconductor, es posible que necesite actualizar su instalación de Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. El paquete está desactualizado

Es posible que se haya archivado (si ya no se mantiene y ya no pasa R CMD checklas pruebas).

En este caso, puede cargar una versión antigua del paquete usandoinstall_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Una alternativa es instalar desde el espejo CRAN de GitHub.

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. No hay ningún binario de Windows/OS X/Linux

Es posible que no tenga un binario de Windows debido a que requiere software adicional que CRAN no tiene. Además, algunos paquetes están disponibles sólo a través de las fuentes para algunas o todas las plataformas. En este caso, puede haber una versión en el CRAN (extras)repositorio (ver setRepositoriesarriba).

Si el paquete requiere compilar código (por ejemplo, C, C++, FORTRAN), en Windows instale Rtools o en OS X, instale las herramientas de desarrollo que acompañan a XCode e instale la versión fuente del paquete a través de:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

En CRAN, puede saber si necesitará herramientas especiales para compilar el paquete desde el código fuente mirando la NeedsCompilationbandera en la descripción.

8. El paquete está en GitHub/Bitbucket/Gitorious

Puede tener un repositorio en GitHub/Bitbucket/Gitorious. Estos paquetes requieren que el remotespaquete se instale.

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Al igual que con installr, es posible que tengas que hacerlo install.packages("remotes")primero).

9. No existe una versión fuente del paquete.

Aunque la versión binaria de su paquete está disponible, la versión fuente no. Puede desactivar esta verificación configurando

options(install.packages.check.source = "no")

como se describe en esta respuesta SO de imanuelc y la sección Detalles de ?install.packages.

10. El paquete está en un repositorio no estándar.

Su paquete está en un repositorio no estándar (por ejemplo Rbbg). Suponiendo que cumpla razonablemente con los estándares CRAN, aún puede descargarlo usando install.packages; sólo tienes que especificar la URL del repositorio.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPEpor otro lado, no está en un repositorio tipo CRAN y tiene sus propias instrucciones de instalación .

Sep 08 '2014 10:09 Richie Cotton