Sombreando un gráfico de densidad del núcleo entre dos puntos.
Con frecuencia utilizo gráficos de densidad del núcleo para ilustrar las distribuciones. Estos son fáciles y rápidos de crear en R así:
set.seed(1)
draws <- rnorm(100)^2
dens <- density(draws)
plot(dens)
#or in one line like this: plot(density(rnorm(100)^2))
Lo que me da este pequeño y agradable PDF:
Me gustaría sombrear el área debajo del PDF desde los percentiles 75 al 95. Es fácil calcular los puntos usando la quantilefunción:
q75 <- quantile(draws, .75)
q95 <- quantile(draws, .95)
Pero, ¿cómo sombreo el área entre q75y q95?
Aceptado
Con la polygon()función, consulte su página de ayuda y creo que aquí también tuvimos preguntas similares.
Necesita encontrar el índice de los valores cuantiles para obtener los (x,y)pares reales.
Editar: Aquí tienes:
x1 <- min(which(dens$x >= q75))
x2 <- max(which(dens$x < q95))
with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray"))
Salida (agregada por JDL)
Otra solución:
dd <- with(dens,data.frame(x,y))
library(ggplot2)
qplot(x,y,data=dd,geom="line")+
geom_ribbon(data=subset(dd,x>q75 & x<q95),aes(ymax=y),ymin=0,
fill="red",colour=NA,alpha=0.5)
Resultado:
Una solución ampliada:
Si desea sombrear ambas colas (copiar y pegar el código de Dirk) y utilizar valores de x conocidos:
set.seed(1)
draws <- rnorm(100)^2
dens <- density(draws)
plot(dens)
q2 <- 2
q65 <- 6.5
qn08 <- -0.8
qn02 <- -0.2
x1 <- min(which(dens$x >= q2))
x2 <- max(which(dens$x < q65))
x3 <- min(which(dens$x >= qn08))
x4 <- max(which(dens$x < qn02))
with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray"))
with(dens, polygon(x=c(x[c(x3,x3:x4,x4)]), y= c(0, y[x3:x4], 0), col="gray"))
Resultado:
