Error: no se pudo encontrar la función... en R

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Estoy usando R y lo intenté some.functionpero recibí el siguiente mensaje de error:

Error: could not find function "some.function"

Esta pregunta surge con mucha frecuencia. Cuando obtienes este tipo de error en R, ¿cómo puedes solucionarlo?

Jan 01 '70 08:01 Joris Meys

Otro problema, en presencia de un NAMESPACE, es que está intentando ejecutar una función no exportada desde el paquete foo .

Por ejemplo (artificial, lo sé, pero):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

En primer lugar, no debería llamar a los métodos S3 directamente, pero supongamos que plot.prcompen realidad hay alguna función interna útil en el paquete foo . Para llamar a dicha función si sabes lo que estás haciendo requiere el uso de :::. También necesita saber el espacio de nombres en el que se encuentra la función. Usando getAnywhere()encontramos que la función está en el paquete stats :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Entonces ahora podemos llamarlo directamente usando:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Lo he usado plot.prcompsolo como ejemplo para ilustrar el propósito. En uso normal no deberías llamar a métodos S3 como este. Pero como dije, si la función que desea llamar existe (podría ser una función de utilidad oculta, por ejemplo), pero está en un namespace, R informará que no puede encontrar la función a menos que le indique en qué espacio de nombres buscar. .

Compare esto con lo siguiente: stats::plot.prcomp Lo anterior falla porque while statsuses plot.prcomp, no se exporta statscomo nos dice correctamente el error:

Error: 'plot.prcomp' no es un objeto exportado desde 'namespace:stats'

Esto está documentado de la siguiente manera:

pkg::name devuelve el valor del nombre de la variable exportada en el espacio de nombres pkg, mientras que pkg:::name devuelve el valor del nombre de la variable interna.

Aug 11 '2011 14:08 Gavin Simpson

Generalmente puedo resolver este problema cuando tengo una computadora bajo mi control, pero es más molesto cuando trabajo con una cuadrícula. Cuando un grid no es homogéneo, es posible que no se instalen todas las bibliotecas y, a menudo, mi experiencia ha sido que no se instaló un paquete porque no se instaló una dependencia. Para solucionar esto, verifico lo siguiente:

1. ¿Está instalado Fortran? (Busque 'gfortran'). Esto afecta a varios paquetes importantes en R.
2. ¿Está instalado Java? ¿Son correctas las rutas de clases de Java?
3. Compruebe que el paquete haya sido instalado por el administrador y esté disponible para que lo utilice el usuario adecuado. A veces, los usuarios instalan paquetes en lugares equivocados o los ejecutan sin el acceso adecuado a las bibliotecas adecuadas. .libPaths()es un buen cheque.
4. Verifique lddlos resultados de R, para estar seguro acerca de las bibliotecas compartidas
5. Es bueno ejecutar periódicamente un script que simplemente cargue todos los paquetes necesarios y realice algunas pequeñas pruebas. Esto detecta el problema del paquete lo antes posible en el flujo de trabajo. Esto es similar a las pruebas de compilación o las pruebas unitarias, excepto que es más como una prueba de humo para asegurarse de que las cosas más básicas funcionen.
6. Si los paquetes se pueden almacenar en una ubicación accesible a la red, ¿lo son? Si no pueden, ¿hay alguna manera de garantizar versiones consistentes en todas las máquinas? (Esto puede parecer OT, pero la instalación correcta del paquete incluye la disponibilidad de la versión correcta ).
7. ¿El paquete está disponible para el sistema operativo determinado? Lamentablemente, no todos los paquetes están disponibles en todas las plataformas. Esto regresa al paso 5. Si es posible, intente encontrar una manera de manejar un sistema operativo diferente cambiando a un tipo apropiado de paquete o desactivando la dependencia en ciertos casos.

Habiendo encontrado esto bastante, algunos de estos pasos se vuelven bastante rutinarios. Aunque el número 7 puede parecer un buen punto de partida, se enumeran en orden aproximado según la frecuencia con la que los uso.

Aug 11 '2011 14:08

Si esto ocurre mientras revisa su paquete (verificación R CMD), eche un vistazo a su ESPACIO DE NOMBRES.

Puede resolver esto agregando la siguiente declaración al NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Esto exporta todo lo que no comienza con un punto ("."). Esto le permite tener sus funciones ocultas, comenzando con un punto:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

May 08 '2012 01:05 Jacob

tuve el error

Error: no se pudo encontrar la funciónsome.function

Esto sucede al realizar la verificación R CMD de un paquete que estaba creando con RStudio. encontré agregando

patrón de exportación(".")

al archivo NAMESPACE funcionó. Como nota al margen, inicialmente configuré RStudio para usar ROxygen para crear la documentación, y seleccioné la configuración donde ROxygen escribiría mi archivo NAMESPACE por mí, lo que seguía borrando mis ediciones. Entonces, en mi caso, desmarqué NAMESPACE de la configuración de Roxygen y agregué exportPattern(".") a NAMESPACE para resolver este error.

Aug 29 '2013 00:08

Este error puede ocurrir incluso si el nombre de la función es válido si faltan algunos argumentos obligatorios (es decir, no proporcionó suficientes argumentos).
Obtuve esto en un contexto Rcpp, donde escribí una función de C++ con argumentos opcionales y no proporcioné esos argumentos en R. Parecía que R consideraba que los argumentos opcionales de C++ eran obligatorios. Como resultado, R no pudo encontrar una función coincidente para el nombre correcto pero un número incorrecto de argumentos.

Función Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
Llamadas R:
RcppFunction(0)genera el error
RcppFunction(0, 0), no

Jul 11 '2014 08:07