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git apply falla con el error "el parche no se aplica"

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Tengo un parche llamado my_pcc_branch.patch. Cuando intento aplicarlo, aparece el siguiente mensaje: $ git apply --check my_pcc_branch.patch warning: src/main/java/.../AbstractedPanel.java has type 100644, expected 100755 error: patch failed: src/main/java/.../AbstractedPanel.java:13 error: src/main/java/.../AbstractedPanel.java:

Digamos que tengo cambios no confirmados en mi directorio de trabajo. ¿Cómo puedo hacer un parche a partir de ellos sin tener que crear un compromiso?